تقدم ترتيب مصر في قائمة الدول اكثر فسادا في العالم فى ظل الحكم العسكرى لتصبح مصرفي المركز 108 في مؤشر الفساد من بين 176 دولة شملها المؤشر في 2016 والتى كانت تحتل المرتبة 88 من بين 168 دولة في عام 2015 .
وأكدت منظمة الشفافية الدولية أن السبب الرئيسى فى تراجع مصر هو قيام حكومة الانقلاب بالتعدي على الهيئات المستقلة حين أقال قائد الانقلاب العسكرى بمرسوم رئاسي رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات هشام جنينة، وادانته وحاكمته قضائيا عندما كشف عن حجم ما كلف الفساد في مصر في الأربع سنوات الأخيرة .