اصدرت اللجنة الدولية للحقوقين تقريرا تطالب فيه النظام الانقلابى بمصر بوضع حد لتدخل السلطة التنفیذية في شؤون القضاء و العمل على ضمان ان يكون القضاء مستقلا و أساسا لحماية حقوق الإنسان وتعزيز سيادة القانون.
وذكرت اللجنة فى تقريرها ان هناك كثير من الاساليب أن القضاء يستخدم كوسيلة لإسكات الذين يشتبه في معارضتهم للجيش أو السلطة التنفيذية، من خلال تحريك القضايا والاستمرار فيها من قبل أعضاء النيابة والمحاكم على استناد لعدد من التهم لا أساس لها، واعتمادا على الحبس الاحتياطي.
وأوضحت الدراسة أن القضاء يستخدم قوانين تنتهك حقوق الإنسان، دون احترام للحقوق الأساسية للمحاكمة العادلة، مشيرة إلى أن الإدانات في مصر أحكام غير مسببة بالقدر الكافي وتتم دون إثبات المسئولية الفردية للمدانين.
ووثق اللجنة الدولية للحقوين ر القمع الذي يمارسه الجيش والسلطة التنفیذية على المحامین والقضاة المشتيه في معارضتهم للسلطات، في حین أنهم الأفراد أنفسهم الذین من المفترض أن يكونوا خط الدفاع الأخیر لحماية الحقوق والحريات.
وصرح سعید بنعغريبة، مدیر برنامج الشرق الأوسط وشمال إفريقيا لدى اللجنة الدولية للحقوقیین، أن "الجبش والسلطة التنفیذية قاموا بإخضاع القضاء لإرادتهما السياسية و جعلاه أداة للقمع المستمر لحقوق الإنسان في مصر".